製薬会社で働く薬剤師の年収はどれくらい？職種別の相場と調剤薬局や病院との比較

製薬会社の薬剤師の年収は、調剤薬局や病院の薬剤師より高い傾向がありますが、その差は年齢や職種、賞与の仕組みによって大きく変わります。

この記事では、公的統計をもとに製薬会社で働く薬剤師の年収の相場と職種別の目安を整理し、調剤薬局や病院と差が出る理由、年収以外に変わる条件、入社するための条件まで紹介します。

製薬会社の薬剤師の年収の相場

厚生労働省の賃金構造基本統計調査には、「製薬会社で働く薬剤師」だけをまとめた区分はありません。

そのため、製薬会社の年収の相場は、医薬品製造業を含む「化学工業」の大学卒のデータを目安にすると実態に近づきます。

薬剤師全体との比較

令和7年賃金構造基本統計調査をもとに年収を換算すると（きまって支給する現金給与額×12か月＋年間賞与の試算）、産業計の薬剤師は約567万円です。

これに対し、化学工業で働く大学卒の労働者は約738万円、従業員1,000人以上の企業に限ると約872万円です。

化学工業には化粧品や塗料、樹脂などのメーカーも含まれ、薬剤師以外の職種の人も入った平均です。 それでも、大手の製薬会社が含まれる1,000人以上の企業の水準は、薬剤師全体の平均を300万円ほど上回ります。

個別の企業の水準は、金融庁のEDINETで公開されている有価証券報告書の「従業員の状況」で確認できます。

初任給の水準

新卒の初任給だけを比べると、製造業が医療・福祉より高いわけではありません。 令和7年の調査では、大学卒の初任給（所定内給与額）は製造業が25万7,500円、医療・福祉が27万900円です。

薬学部（6年制）を卒業して入社する場合は、学歴区分では「大学」にあたります。

大学院卒では製造業が29万8,300円で、大学卒より4万円ほど高くなります。 研究職などで大学院修了者を採用する企業では、スタート時点の給与も上がります。

年代別の推移

製薬会社と調剤薬局・病院の差が大きくなるのは、入社してから年数がたってからです。 化学工業の大学卒と産業計の薬剤師の年収を年齢階級別に比べると、20代まではほぼ同じ水準ですが、30代後半から差が広がります。

化学工業の大学卒は50代後半で約1,045万円まで上がるのに対し、薬剤師は40代後半以降は600万円台で推移します。 50代後半では、その差は約390万円です。

新卒の段階では差がなくても、昇給と賞与の積み重ねで年収の差が開いていくのが製薬会社の特徴です。

参考：政府統計の総合窓口（e-Stat）「賃金構造基本統計調査 令和７年賃金構造基本統計調査 一般労働者」 ／ 政府統計の総合窓口（e-Stat）「賃金構造基本統計調査 令和７年賃金構造基本統計調査 調査の説明」

職種別の年収

製薬会社の中でも、職種によって仕事内容も年収の決まり方も異なります。 賃金構造基本統計調査には「MR」や「臨床開発モニター」という職種区分はなく、MRは「その他の営業職業従事者」、薬学の研究員は「研究者」に含まれます。

職種区分の数値は、製薬会社以外の企業で働く人も含めた全産業の平均です。 製薬会社に限った職種別の年収を示す公的統計はないため、あくまで同じ仕事の幅広い平均として見ておきましょう。

MR

MR（医薬情報担当者）は、医師や薬剤師を訪問して自社の医薬品の情報を提供し、副作用などの情報を集める仕事です。 MRに薬剤師免許は必要なく、MR認定センターによると、2024年度に薬剤師資格を持つMRは3,824人で、MR全体の8.8％です。

MRを含む「その他の営業職業従事者」の年収は約661万円、1,000人以上の企業では約783万円です（試算）。 食品や化学品の営業職も入った数値のため、MRの年収はこの範囲を目安に、会社ごとの給与体系で確認しましょう。

臨床開発モニター

臨床開発モニター（CRA）は、治験が計画書やGCP（医薬品の臨床試験の実施の基準）どおりに進んでいるかを、医療機関を訪問して確認する仕事です。 製薬会社のほか、開発業務を受託するCRO（開発業務受託機関）にも同じ職種があります。

同じ「CRA」でも、製薬会社の社員かCROの社員かで給与体系が変わるため、求人票では雇用主がどちらかを先に確認するのがおすすめです。

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研究職

研究職は、新薬の候補となる化合物の探索や、薬の効き方・安全性を調べる試験を担当します。 「研究者」の年収は約802万円、1,000人以上の企業では約837万円で、統計で確認できる職種の中では最も高い水準です。

研究者の区分には、薬学以外の自然科学や人文・社会科学の研究者も含まれます。

薬事

薬事は、新薬の承認を得るための申請書類の作成や、行政（医薬品医療機器総合機構など）とのやりとりを担当する部門です。 承認後も、添付文書の改訂や法令改正への対応など、医薬品医療機器等法（薬機法）に関わる業務が続きます。

薬事に対応する職種区分は賃金構造基本統計調査になく、公的統計の年収データはありません。 法令の知識と書類作成の正確さが求められるため、開発やQAの経験を積んでから異動するケースもあります。

学術・DI

学術・DI（医薬品情報）は、医療関係者や患者さんからの問い合わせに答えたり、自社製品の資料を作ったりする部門です。 会社によっては「くすり相談窓口」や「メディカルインフォメーション」と呼ばれます。

学術・DIも統計上の職種区分では特定できず、年収の公的データはありません。 医薬品の知識をそのまま生かせるため、調剤や病院での経験を評価する求人もあります。

品質管理・製造管理

品質管理（QC）は製品の試験・検査を、品質保証（QA）は製造や出荷が基準どおりに行われているかの確認を担当します。 工場では、製造工程を管理する製造管理の仕事もあります。

医薬品の製造所ごとに置く医薬品製造管理者や、製造販売業者が置く総括製造販売責任者は、原則として薬剤師でなければならないと薬機法で決められています。

統計上は、製造管理を担う薬剤師は「薬剤師」、医薬品製造や分析試験の技術者は「化学技術者」（年収約642万円・試算）に含まれます。

参考：MR認定センター「MR白書」 ／ e-Gov法令検索「医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律」

調剤薬局や病院と差が出る理由

製薬会社と調剤薬局・病院の年収差は、薬剤師個人の能力の差ではなく、会社の収入の仕組みの違いから生まれます。 差が出る理由を知っておくと、製薬会社の中でも年収が上がりやすい職場とそうでない職場を見分けやすくなります。

収入の原資が調剤報酬に縛られない

調剤薬局や病院の収入の大部分は、国が点数を決める調剤報酬・診療報酬です。 点数は原則2年ごとの改定で見直され、薬局や病院が自分で値段を上げることはできません。

そのため、薬剤師の給与に回せるお金の上限も、報酬の点数でおおよそ決まります。

製薬会社も国内で売る医療用医薬品は国が決める薬価の影響を受けますが、新薬が売れれば売上が大きく伸び、海外での販売で収入を得ることもできます。

薬剤師1人の業務量で収入が決まる薬局や病院と違い、1つの製品の売上が会社全体の業績を左右するため、業績がよいときは給与や賞与に反映されやすくなります。

賞与と評価制度の違い

年収の差のうち大きいのは賞与です。 令和7年の調査で年間賞与その他特別給与額を比べると、産業計の薬剤師は約88万円、化学工業の大学卒は約168万円です。

年収に占める賞与の割合も、薬剤師は約16％、化学工業の大学卒は約23％です（試算）。 製薬会社では、賞与を会社の業績と個人の評価を組み合わせて決める会社もあり、その場合は評価が高い人ほど賞与が増えます。

反対に、業績が落ちた年は賞与が減ることもあり、年収が毎年同じとは限りません。

昇進によるポストの幅

調剤薬局や病院では、役職は管理薬剤師、薬局長・薬剤部長などに限られ、ポストの数も店舗や病院の数で決まります。 製薬会社は研究・開発・営業・品質・薬事など部門が多く、部門ごとに課長・部長などの管理職ポストがあります。

前述の年代別の推移で40代以降に差が広がるのは、こうした昇進の幅の違いも影響しています。

ただし、管理職になれるかどうかは評価や会社の組織によって変わり、全員が同じように年収を伸ばせるわけではありません。

参考：厚生労働省「令和８年度診療報酬改定について」

年収以外に差が出る条件

製薬会社に移ると、年収だけでなく、勤務地や休日、手当の条件も変わります。 額面の年収が上がっても、転勤や家賃の負担を合わせると生活全体では条件が悪くなる場合もあるため、年収以外の条件もあわせて比べましょう。

転勤の有無

調剤薬局や病院では、勤務地を選んで働く人が多い一方、製薬会社は職種によって転勤の頻度が大きく変わります。

全国に支店や工場がある会社ほど、入社後の勤務地は自分で選べないことを前提に考えておくと安心です。 家族の事情で転居が難しい場合は、求人票の「転勤の有無」と「勤務地限定制度」を確認しておきましょう。

休日と残業の実態

製薬会社の本社・研究所などは平日勤務・土日祝日休みが基本の会社が一般的で、シフト制の調剤薬局や病院とは休日の取り方が変わります。

令和7年就労条件総合調査では、従業員1,000人以上の企業の年間休日は平均117.7日で、30〜99人の企業より6日ほど多くなっています。

残業時間（超過実労働時間）は、産業計の薬剤師が月10時間、化学工業の大学卒が月8時間で、大きな差はありません。

ただし、承認申請や治験の締め切り前、品質トラブルの対応などで一時的に忙しくなる時期もあります。

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福利厚生と住宅補助

大企業ほど住宅手当や単身赴任手当を支給する企業の割合が高く、転勤のある会社では借上げ社宅や寮を用意していることもあります。

諸手当を支給している企業のうち、住宅手当を出している割合は、1,000人以上の企業で60.8％、30〜99人の企業で41.6％です。

住宅手当を支給された労働者の平均支給額は月1万8,700円です。 借上げ社宅の家賃補助のように額面の年収に含まれない補助もあるため、転職先を比べるときは年収と住宅補助を合わせた実質的な手取りで判断するのがおすすめです。

参考：厚生労働省「令和７(2025)年就労条件総合調査　結果の概況」

製薬会社に入るための条件

製薬会社で働く薬剤師は、薬剤師全体から見ると少数です。 職種ごとに求人の出方や求められる経験が違うため、目指す職種を決めてから準備を始めましょう。

職種ごとの求人の出方

令和6年医師・歯科医師・薬剤師統計で、薬剤師の主な勤務先を見ると、薬局が19万7,437人（60.0％）と最も多く、医薬品の製造販売業・製造業で働く薬剤師は2万4,102人（7.3％）です。

製造販売業・製造業で働く薬剤師は前回（令和4年）より1,684人減っています。 薬局や病院の求人に比べて募集の数が少なく、職種によっては欠員が出たときだけ募集することもあります。

中途採用では、同じ職種での実務経験を応募条件にする求人もあります。

求められる学歴と経験

職種によって、重視される学歴や経験が変わります。

調剤薬局や病院から中途で転職する場合は、臨床経験が評価されやすい学術・DIや、薬剤師が必須のポストがある品質部門が入り口になりやすい職種です。

必要な知識とスキル

製薬会社では、薬学の知識に加えて、どの職種でも次のような知識やスキルが求められます。

海外の論文や資料を扱う研究・開発・薬事などの職種では、英語力が評価されやすくなります。

参考：厚生労働省「令和６(2024)年医師・歯科医師・薬剤師統計の概況」

年収を重視する場合の注意点

製薬会社は年収の水準が高い一方で、年収の決まり方や働き方は調剤薬局や病院と大きく違います。 年収だけで転職を決めると、思っていた働き方と違うと感じることもあるため、次の3つを確認しておきましょう。

成果給の比重

前述のとおり、製薬会社の年収は賞与の割合が大きく、会社の業績や個人の評価で毎年変わります。 求人票の想定年収はどの評価や業績を前提にした金額かで意味が変わるため、内定前に次の点を確認しておくのが無難です。

MRの働き方の変化

MR数は減少が続いており、MR認定センターの調査では2014年度の6万4,657人から、2024年度には4万3,646人まで減りました。

2024年度は前年度より3,073人（6.6％）減り、MRを多く抱えてきた企業での早期希望退職の影響が大きかったとされています。

医療機関を訪問せず、Webや電話だけで情報提供をするMRもいます（2024年度は507人）。 MRとして年収を上げたい場合は、担当する領域や会社の戦略によって職種の将来が変わる点も知っておきましょう。

調剤の実務から離れること

製薬会社の多くの職種では、日々の調剤や服薬指導をする機会がありません。 数年たってから調剤薬局や病院に戻る場合、新しい薬や調剤報酬の改定、在宅などの業務に慣れ直す期間が必要になります。

いずれ臨床に戻る可能性があるなら、研修認定薬剤師などの資格を維持したり、学会や研修に参加したりして、知識を更新しておくと安心です。

まとめ

製薬会社の薬剤師の年収は、医薬品製造業を含む化学工業の大学卒で約738万円、1,000人以上の企業では約872万円が目安で、産業計の薬剤師（約567万円）を大きく上回ります。

ただし、差が広がるのは30代後半以降で、職種や賞与の評価によって年収は大きく変わります。

まずは自分が目指したい職種を決めて、その職種の年収の決まり方や勤務地の条件を確認してみましょう。 製薬会社の求人は数が限られるため、転職エージェントに相談すると、非公開の求人や職種ごとの選考のポイントまで確認しながら探せます。